Com a criação do MERCOSUL (Mercado Comum do Sul) – projeto de integração entre Argentina, Brasil, Paraguai e Uruguai estabelecido em 1991 pelo Tratado de Assunção -, o Protocolo de Ouro Preto de 17 de dezembro de 1994 definiu a estrutura institucional de administração do bloco. Com o Protocolo, o MERCOSUL assumiu a condição de organização internacional, com sua personalidade jurídica no Direito Internacional exercida pelo Conselho do Mercado Comum (CMC). Os objetivos da estrutura institucional do MERCOSUL abrangem desde a organização dos mecanismos para tomada de decisão e administração dos debates do bloco e de seus instrumentos de análise, até o gerenciamento interno e externo enquanto organização internacional.
Com o CMC, o Grupo Mercado Comum (GMC) e a Comissão de Comércio do MERCOSUL (CCM) constituem os três órgãos de natureza decisória intergovernamental do bloco. Enquanto órgão superior, CMC tem como função a condução política do processo de tomada de decisão e de integração para alcançar os objetivos estabelecidos no Tratado de Assunção. É formado pelos Ministros das Relações Exteriores e Ministros da Economia (ou equivalentes, indicados pelos Estados Partes). Na sequência, o GMC é o órgão executivo do bloco. Formado por membros titulares e membros alternos, o órgão cuida da negociação de acordos com países terceiros ou outras organizações internacionais, além de organizar as reuniões do CMC e prestar contas à Secretaria do MERCOSUL sobre o orçamento anual do bloco. Por fim, o CCM, como Comissão, é encarregado de assistir o GMC e tratar da aplicação dos mecanismos de política comercial comum que tenham sido acordados pelos Estados Parte para união aduaneira. Junto a isso, o órgão revisa e acompanha temas relacionados a essas políticas comerciais de forma interna (comércio intra-MERCOSUL) ou até mesmo externa.
Depois dos órgãos decisórios, estão presentes na estrutura institucional, o Parlamento do Mercosul (PARLASUL) e o Foro Consultivo Econômico-Social (FCES), ambos como órgãos de natureza representativa e de consulta. O PARLASUL representa a perspectiva parlamentar do processo de integração, sendo um órgão de representação cidadã. Esse órgão exerce atos desde recomendações e declarações sobre assuntos de interesse público, projetos de normas, relatórios sobre temas aprovados, pareceres sobre normas advindas do CMC até solicitação de Opiniões Consultivas. Em paralelo, o FCES tem como principais atribuições acompanhar e avaliar o impacto econômico e social de políticas voltadas ao processo de integração. O Foro objetiva o estudo e análise de questões econômicas e sociais relevantes para o processo de integração a fim de contribuir para uma participação social mais efetiva.
Para conclusão do panorama geral da estrutura institucional do MERCOSUL, é necessário mencionar a Secretaria do MERCOSUL (SM) e o Tribunal Permanente de Revisão (TPR). A primeira compreende o órgão de natureza de apoio técnico e logístico. A SM é responsável pelas tarefas de natureza administrativa, desde funções como publicação e arquivo das documentações do MERCOSUL até a organização das reuniões do bloco (fora e dentro de sua sede) entre outras atividades solicitadas pelos outros órgãos já mencionados. Por fim, o TPR foi criado pelo Protocolo de Olivos em 2002 e constitui o sistema de solução de controvérsias no bloco. O órgão atua sobre controvérsias entre os Estados Partes ou advindas de agentes que recorrem indiretamente ao sistema para apresentar reclamações de seu Estado de residência ou trabalho.